■五稜郭
嘉永七年(1854)に結ばれた日米和親条約により、幕府は下田と箱館を開港。その後、各国とも条約を結ぶと、幕府は箱館を直轄地とし箱館奉行所を設けました。しかし、海岸に近いという無防備な立地条件を危惧した奉行たちの進言により、幕府は安政四年(1857)に海岸より四キロほど離れた現在の場所に、ヨーロッパの城塞都市をモデルとした西洋式稜堡城郭の築城を開始したのでした。
五稜郭は七年の歳月を経て元治元年(1864)に完成しますが、それから間もなく、慶応四年(1868)八月に品川沖を出奔した榎本武揚率いる旧幕府艦隊が、仙台、松島を経由し、同年十月、北海道・鷲ノ木浜に上陸。そこから南進し、五稜郭に無血入城すると、榎本たちはここを蝦夷平定の拠点としたのでした。
（尚、余談ですが、「箱館」が「函館」に改名されるのは、明治二年以降のことです）。
箱館奉行所
五稜郭の中央に当時、建っていた箱館奉行所。内部には同心詰所・町役人詰所・白州（しらす）などがありました。屋根には太鼓櫓があり、劇中では覇者の首がとりついた榎本武揚が演説を行っています。現在、五稜郭では、2010年６月完成を目指して、奉行所の復元作業が行われています。
総裁室
日本初の選挙ともいうべき「入れ札」によって総裁に就任した榎本武揚の私室。
箱館奉行所内にあり、劇中では、絨毯に隠された床には地下空洞へと続く階段が作られていました。
会議室
蝦夷共和国幹部たちが軍議などを行った場所。畳を取り外し、列強諸国に習い西洋的な雰囲気を出しています。
半月堡
設計当初はすべての辺に半月堡を設ける予定でしたが、予算の関係で大手口の一箇所だけとなりました。郭内から突き出した五つの張り出し（稜堡）は、死角を生まない効果があります。劇中では、覇者の首の力により、この場所に要塞砲が現れました。
大手口から半月堡に架けられたこの橋は、劇中では耀次郎が魔城と化した五稜郭に突入する際（第25話）に、駆け抜けた場所。
兵糧庫
劇中では登場することはありませんでしたが、五稜郭内に今も現存する兵糧庫。この場所に、食料などを保管していました。築城当時から今も残る、唯一の現存建物です。
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「幕末機関説 いろはにほへと」を作るにあたり、幕末から明治へと続く戊辰戦争を何処まで描くのか。物語の終着地点はどこにするのか。その問いに対し、「秋月と蒼鉄との決戦の場は、季節外れの雪が降る五稜郭にしよう」という提案が、高橋良輔総監督よりあり、早い段階で決まっていました。（その後で、まさか五稜郭が最終話にてあんなことになるとは、その時点では誰一人として考えてもいなかったのですが…）