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		元治元年 (1864)に五稜郭が完成すると、幕府はここに奉行所を移した。慶応四年(1868)10月20日、鷲ノ木浜に旧幕府軍が上陸すると、箱館府知事・清水谷公考は箱館奉行所から退却、代わって榎本武揚率いる旧幕府軍が占領し、蝦夷地平定の拠点となった。壁にはエゾジカの頭骨が掛けられている。